Als Vereinsorgane dienen ihm dazu vor allem die monatlichen Zusammenkünfte des Vorstands (Leitungsteam) und die jährliche Mitgliedervollversammlung (Jahreshauptversammlung), die üblicherweise im Mai stattfindet. Das Leitungsteam besteht aus den von der Jahreshauptversammlung gewählten Vorsitzenden, dem diözesanen Jugend- und Jungscharseelsorger und dem*der Teamleiter*in der Jungen Kirche (Geschäftsführer*in des Vereins).
Das Leitungsteam trägt die Sorge dafür, wer den Verein in welchem Gremium vertritt. Insbesondere betrifft dies die Nominierungen für die Bundesgremien der KJÖ und der KJSÖ, für den Landesjugendbeirat, für das Kuratorium des Jugend- und Bildungshauses St. Arbogast und den Pastoralrat der Diözese Feldkirch. In seiner Finanzverantwortung entscheidet das Leitungsteam über die Gewährung von Förderungen entsprechend den von der Jahreshauptversammlung verabschiedeten Richtlinien. Es ist für die Erstellung des Jahresvoranschlages, sowie die Abfassung des Rechnungsabschlusses und des Rechenschaftsberichtes und die Verwaltung des Eigentums zuständig.
Der*die Teamleiter*in der Jungen Kirche und der diözesane Jugend- und Jungscharseelsorger bilden das Bindeglied zwischen der hauptamtlichen diözesanen Struktur und der ehrenamtlichen Vereinsstruktur. Die personelle Verschränkung ist ein Garant für ein konstruktives Miteinander beider Institutionen. Sie beide tragen Verantwortung für die entsprechende und den Ressourcen adäquate Planung und Durchführung der Vereinsanliegen und die Wahrnehmung der Bundeskontakte zu KJÖ und KJSÖ.